La paroisse de Gabès naît grâce aux nominations des aumôniers militaires au sud de la Tunisie, où la présence d’européens (Français, Maltais et Italiens) est importante.

Dans son livre « Les Catholiques en Tunisie au fil des ans », le P. Dornier relate que la première mention de Gabès, dans les archives du diocèse, date du 12 Février 1882. C’est le Général Allégro, gouverneur de Gabès, qui s’adresse à l’archevêque pour exprimer son désir de voir le culte catholique s’établir à Gabes. Une chapelle est construite dans l’enceinte de l’hôpital militaire, mais il devient bientôt difficile pour les civils d’y accéder.

L’abbé présente à l’archevêque le plan d’une église, dont la première pierre est posée en 1886, qui sera achevée en 1911. La vie religieuse des territoires du Sud (y compris Djerba, pendant la guerre en 1943) se rattache à cette paroisse.

Suite aux manifestations du 6 décembre 1956 et aux inondations du 22 novembre 1962, l’église connaît beaucoup de dégâts. En 1964, elle ferme ; le dernier curé, l’abbé Lucien Henriot, consigne aux autorités les clefs de l’Eglise, du presbytère et des autres locaux.  Ce sont ensuite des prêtres de Sfax qui assurent le culte, célébré  chez les Sœurs de Nevers, présentes à Gabes à cette époque.

Actuellement, l’Eucharistie hebdomadaire a lieu dans une salle polyvalente construite dans l’ancienne cour de récréation d’un jardin d’enfants dans le quartier dit « Bab Bhar », entre l’ancienne église - dont le clocher a pris une allure de minaret - et la mosquée Sidi Salem Laroussi.

Depuis quelques années, la majorité des paroissiens sont des étudiants de l’Afrique subsaharienne.