En 1836, le Saint-Siège obtient de Moustapha Bey l’autorisation de créer la paroisse de Sousse relevant de Tunis et une chapelle est installée. La population chrétienne est alors estimée à 400 personnes.

En 1856, l’arrivée du père Agostino da Reggio dans une ville décimée par une épidémie de choléra est un tournant dans la vie de la communauté chrétienne de Sousse. Dans l’enceinte de l’ancien cimetière catholique, il entreprend la construction de la chapelle Saint-Joseph, qui reste en activité jusqu’à l’indépendance de la Tunisie en 1956.

Une nouvelle église consacrée à l’Immaculée Conception, par la suite renommée en Notre-Dame-de-l'Immaculée-Conception, est bénie par Monseigneur Fidèle Sutter en 1867 et reste le principal lieu de culte chrétien jusqu’à la construction de l’église Saint-Félix.

L’instauration du protectorat français en 1881 est à l’origine d’une forte augmentation de la population chrétienne de la ville, avec l’arrivée de nombreux Maltais et Italiens.