En 1848, les quelques familles chrétiennes qui habitaient l'île( en grande partie les pauvres pêcheurs Maltais) ont acheté une cabane appartenant à la famille ben Ayed  et ont fait une petite église, d'aspect carré ( seulement un tiers de sa Grandeur présente), du coté sud ils ont construit un petit presbytère pour le premier curé résident, le père capucin Italien Gaetano da Ferrara, venu dans la même année.

En 1855 il est remplacé par un prêtre français, André Bois qui, grâce aux dons généreux des habitants de Malte, a agrandi l'église, en lui donnant la forme présente.En 1901 le nouveau curé François Xerri qui venait de Malte, a rajouté à l'église deux tours avec des cloches. Il a percé les fenêtres en haut de la nef principale et décoré les piliers avec les chapiteaux sculptés en pierre de Malte par un sculpteur de Gozzi. Les piliers étaient couverts de damas lyonnais en soie qui donnait à l'église un aspect assez gai. Elle a été dédiée à Saint Joseph. Dans cet état elle a existé jusqu'à l'année 1964 quand elle a été nationalisée pour servir d'abord de salle d'étude pour les enfants pauvres, puis elle était changée en salle de sport.

En 2005 un décret présidentiel a rendu l'église aux chrétiens pour le culte, elle a été restaurée et décorée avec des copies d'anciennes mosaïques chrétiennes trouvées en Tunisie.